In un luogo simbolo della diocesi - gli spazi dell'ex Seminario vescovile - il museo raccoglie opere confluite per lo più nei depositi della curia per motivi di sicurezza. Provenendo dalla città di Tortona e dall'ampio territorio diocesano conferiscono al nuovo istituto una peculiarità fondamentale: raccontare la storia della diocesi attraverso la produzione artistica e fornire un'esperienza pastorale per la comunità diocesana e per il pubblico del museo.

La sua sede è un palazzo storico con una propria fisionomia, rimasta invariata; con gli adeguamenti strutturali e funzionali dei locali dell'ala meridionale del complesso, il percorso museale si snoda su tre livelli attraverso un itinerario sia tematico che cronologico che comprende le sale espositive del primo allestimento realizzato nel 2004.
Affiancato alla biblioteca e all'archivio storico di cui, in una "sala cerniera", presenta alcuni beni significativi, concretizza l'unità del Polo culturale diocesano e con essa il suo ruolo di servizio ecclesiale.